Es gibt eine Vielzahl von Erkrankungen, bei denen eine Assoziation zu einem dysbiotischen Mikrobiom nachgewiesen wurde. Eine Behandlung mit einem Stuhltransfer ist derzeit als individueller Heilversuch anzusehen, im Sinne einer maßgeschneiderten Therapie. Bei einigen Erkrankungen, wie Morbus Crohn, Colitis ulcerosa, Reizdarmsyndrom, pseudemembanöser Kolitis (Infektion mit Clostridoides difficile), ist die wissenschaftliche Evidenz größer als bei vielen anderen Erkrankungen und daher eine wissenschaftliche Begründung einfacher. Grundsätzlich ist jedoch die Therapieindikation in jedem individuellen Fall zu klären.
